Uno degli aspetti più evidenti di Matrix, un aspetto che è evidente anche per lo spettatore più sprovveduto, è la stretta connessione tra elementi narrativi e allusioni palesemente scoperte ad opere che sono patrimonio del modo di sentire e di vedere della cultura postmoderna (non è proprio un caso la citazione del libro Simulacra and Simulation di Jean Baudrillard, la bibbia del modo di sentire postmoderno: il libro viene usato come il contenitore dove Neo nasconde i propri dischetti pirata; si tratta di un testo filosofico che cerca di penetrare l’idea di cosa sia reale e cosa sia semplice simulazione; Neo apre il volume al capitolo "On Nihilism"). Il film presenta una serie complessa di simbologie religiose e letterarie che riescono senza dubbio a spiegare meglio il senso stesso della pellicola.

L’elemento preponderante all’interno di questa simbologia è senza dubbio dato dal versante del sentimento religioso di origine gnostica.

Lo gnosticismo si diffuse dal I al V sec. d.C. nel bacino del Mediterraneo fino al Medio Oriente, ma molti temi hanno una qualche origine pre-cristiana databile attorno al I sec. a.C.

Il termine Gnosticismo deriva dal greco "gnosis", conoscenza, e identifica sia il cammino che il fine che lo gnostico si prefigge di raggiungere. La gnosis è un atteggiamento esistenziale che coinvolge totalmente la vita dell’individuo che, attraverso un processo intuitivo, giunge alla conoscenza di sè, dell’origine dell’uomo e del mondo: questa conoscenza gli consente la salvezza personale dal mondo della materia, che è il male da cui redimersi.

Per lo gnostico la ricerca religiosa era tutt'uno con l'esplorazione della psiche.

Secondo gli gnostici l’umanità è divisa in tre categorie: i "somatici" o "ilici" che sono dominati dalla materia; gli psichici che racchiudono un’anima vagamente ricettiva per una eventuale attrazione dall’alto e infine gli "spirituali" o "pneumatici" (gli gnostici); da questa concezione ne deriva che la salvezza dell'uomo è una questione strettamente privata in cui il rapporto tra gli uomini perde rilevanza ed è solo riservata ad una élite predestinata.

Solo con un atto di ricordo o di risveglio l’uomo, o almeno chi ha la necessaria vocazione, può riconoscere la propria natura spirituale e affrontare la via della liberazione progressiva dai condizionamenti subiti al passaggio di ogni sfera. Questo è possibile per mezzo di un processo descritto come ascesa dell’anima, in cui l’adepto, percorrendo a ritroso l’itinerario della caduta, deve affrontare a ogni sfera gli esseri spirituali a essa preposti, gli arconti, e riuscire a passare grazie alle formule e alle parole di passo apprese nell’iniziazione gnostica.

Nonostante i propri limiti, la gnosi presenta spunti di riflessione proprio a partire dall’accento che pone sulla ricerca spirituale dell'individuo e sull'impossibilità di delega ad autorità esterne di tale compito; principio che è alla base della moderna psicoanalisi evolutiva.

In epoca contemporanea oltre a movimenti, per lo più elitari, che si richiamano esplicitamente a correnti gnostiche del passato, non sono mancati tentativi d’identificare caratteri gnostici in fenomeni culturali moderni anche molto diversi: dalla mancanza di senso dell’esistenza terrena, come nel caso del nichilismo oppure dell’esistenzialismo, al rifiuto di accettare la realtà naturale con progetti d’interventi radicali, come nel caso delle manipolazioni genetiche. Caratteri gnostici si possono osservare anche in una certa mitologia relativa a Internet: se la pretesa gnostica sta nel ricostruire il reale attribuendo un diverso statuto ontologico a "enti di ragione" o a "opere di fantasia", Internet fornisce la possibilità di modificare la realtà in modo più radicale di quanto sia stato finora possibile per mezzo dell’ideologia o della manipolazione creando una realtà virtuale nel ciberspazio, in cui ciascuno può "navigare", svincolato dai limiti del corpo.

Gli gnostici intendevano il Dio come un’entità che raramente si lascia coinvolgere da questo mondo. Questo Dio ha come suoi sostituti un gruppo di una trentina di creature spirituali chiamate eoni, tutti assieme questi eoni formano il pleroma, la ‘pienezza’.

Nella mitologia Gnostica un eone di nome Sophia (saggezza) generò un essere spirituale dai grandi poteri ma dalla scarsa intelligenza che credeva d’essere il dio definitivo. Questo essere prese una parte dell’essenza divina del pleroma e con essa plasmò il mondo creato e gli Arconti, i guardiani e i difensori del mondo. È relativamente facile tracciare un parallelo tra queste figure e gli agenti Smith, Brown and Jones del film: sono responsabili del mantenimento dell’ordine e della sottomissione alla realtà artificiale; lo stesso Morpheus in fondo non fa che confermare la cosa quando dice "controllano tutte le porte, hanno tutte le chiavi." Il termine agenti, invece, si ricollega alle nuove tendenze della ricerca sulla IA.

A questo eone venne dato il nome di Demiurgo (Demiurgos), l’artefice semi-divino. Tale creazione del mondo viene intesa in senso negativo e come prigione per lo spirito umano. Secondo la visione gnostica, ogni essere umano, volente o nolente, serve questo falso dio in una specie di sonnambulismo. Il mondo illusorio che le IA hanno posto di fronte agli occhi dell’umanità per nascondere la verità si ricollega al Demiurgo, al falso Dio, che mise assieme un mondo raffazzonato e che non è altro che un’estensione corrotta del Vero Dio (come detto la somiglianza è avvalorata dalla corrispondenza tra la figura degli Agenti e quella degli Arconti).

Questo parallelo con lo gnosticismo si fa più evidente con le parole dell’Agente Smith in cui descrive il primo mondo creato da Matrix, il "mondo perfetto", che non sarebbe altro che un parallelo con la visione gnostica del Giardino dell’Eden.

Sophia, visto cosa era avvenuto, cercò di liberare i primi esseri umani, Adamo ed Eva. Mentre essi si trovavano nel Giardino dell’Eden entrò nel corpo di un serpente e disse loro che potevano arrivare alla divinità solo riuscendo a mettersi in contatto con la scintilla divina che si nasconde in ogni essere umano. Adamo passò questa conoscenza al figlio Seth e da allora si continua ancora a passarla di generazione in generazione. Nel film la pillola rossa che viene offerta a Neo svolge la funzione equivalente al frutto proibito dell’albero della conoscenza del bene e del male; la Pillola Rossa, comunque, si presenta come uno strano miscuglio di Alice nel paese delle Meraviglie e della storia del Giardino dell’Eden: ad Alice viene offerta una torta, ad Adamo ed Eva una mela, due oggetti che una volta ingeriti cambieranno per sempre il mondo dei personaggi. Il paragone con le opere di Carroll (Alice In Wonderland, Through The Looking Glass) non è poi peregrino come possa sembrare in quanto Matrix abbonda di allusioni prese dai due romanzi:

"Segui il coniglio bianco" (Follow the white rabbit) viene dalla storia di Alice che segue un coniglio nella sua tana [nel caso di Neo una ragazza con il tatuaggio di un coniglio bianco] per entrare nel Paese delle Meraviglie.

"Ti mostrerò quant’è profonda la tana del coniglio" (I'll show you how deep the rabbit hole goes) è un’altra allusione al passaggio di Alice nel Paese paese delle Meraviglie.

Il riferimento al coniglio si ritrova anche in un’allusione obliqua: quando Neo è in attesa dall’Oracolo, alla televisione stanno trasmettendo un film, Night of The Lepus, che tratta della storia di un gigantesco coniglio mutante. Questo procedimento di creazione di simboli attraverso citazioni indirette (quasi un gioco di specchi) si ripete più volte e almeno in un altro caso avviene sempre con il mezzo televisivo: infatti mentre Neo attraversa l’appartamento di una vecchia signora, la televisione sta trasmettendo l’immagine di un uomo minaccioso vestito di nero. Si tratta del Numero 2, dalla serie di telefilm The Prisoner, una serie molto orwelliana di un villaggio ‘artificiale’ dove viene rinchiuso un agente segreto che ha tentato di fuggire dalla propria organizzazione.

Un’altra allusione al romanzo di Carroll si ritrova nella scena in cui Neo tocca lo specchio e la sua mano inizia a trasformarsi (anche Alice durante il suo viaggio incontra uno specchio)

Sempre secondo la visione gnostica, nel tempo sono stati inviati tra di noi altri eoni per informarci sulla natura della divinità, l’ultimo dei quali di nome Cristo, parlava attraverso Gesù un uomo normale. Nel film la simbologia legata alla figura di Gesù è vasta e va dall’ultima cena (Neo mangia con il resto dell’equipaggio adombrando non solo l’Ultima Cena ma anche la profezia di Cristo che qualcuno al suo tavolo lo tradirà) alla figura stessa del traditore, del ’Giuda’ Cypher. Non passa inosservato il nome del personaggio: col termine ‘cipher’ viene indicato un messaggio scritto con un codice segreto e anche una persona che è una nullità. Cypher rappresenta anche una specie di gioco di parole rispetto a Lucifer. Il suo vero nome, comunque, è Reagan ed anche qui c’è dell’ironia vista la frase che pronuncia nel momento in cui accetta di tradire i suoi compagni: "Voglio essere qualcuno importante… come un attore… Non voglio ricordare niente, mi capite? Niente."

I nomi dei peronaggi principali hanno tutti una chiara valenza simbolica.

Morpheus: il nome gli viene dal dio greco dei sogni, un simbolismo onirico che è collegato al nome della nave, Nebuchanezzer (Nabucodonosor). Nebuchanezzar, re di Babilonia, fu istruito in sogno da Dio per distruggere gli abitanti di Gerusalemme che adoravano falsi profeti. Da notare il particolare della placca col nome della nave: "MARK III No. 11, Nebuch., Made in the USA, Year 2069". Il verso della Bibbia (Mark 3:11) recita "e gli spiriti impuri, ogniqualvolta vedono Lui, cadono di fronte a Lui e gridano dicendo "Tu sei il Figlio di Dio"".

Morpheus come personaggio nei confronti di Neo svolge una funziona analoga a quella di San Giovanni Battista ed è anche un equivalente del Pro-padre gnostico, il padre di tutti noi, minacciato dal Demiurgo (Matrix) e che è salvato da Cristo (Neo).

Neo/Thomas Anderson: Neo che significa nuovo o rinnovato è anche l’anagramma di "one" ricollegandosi così alla convinzione di Morpheus che egli sia The One, L’Eletto.

Il numero dell’appartamento di Neo è il 101.

Ci sono riferimenti biblici e gnostici anche nel vero nome di Neo: Thomas, Tommaso, che significa gemello, si dice che fosse fratellastro del Cristo; fu anche un apostolo riluttante ad ammettere la resurrezione. Rifiutando la verità dei suoi sensi rispetto a Matrix, anche Neo diventa un ‘San Tommaso’. Il nome presenta anche un riferimento col vangelo gnostico di Tommaso il quale afferma "Il Regno dei Cieli è dentro l’uomo, e lui non lo sa ". Il cognome Anderson significa "son of Ander", con Ander che deriva da Adamo. Neo è il "figlio gemello dell’Uomo", un Nuovo Adamo, un personaggio con molta forza nell’insegnamento gnostico. Il parallelo con Adamo torna nel nome della via dove Neo si incontra con Trinity, Adams Street, per l’appunto.

Il personaggio di Neo ha inoltre molte caratteristiche che lo avvicinano anche a motivi buddisti: Morpheus crede che sia il liberatore originale reincarnato e Neo appare come bodhisattva, un illuminato che si rifiuta di entrare nel nirvana fino a che tutti gli spiriti non siano stati illuminati (un altro aspetto che forse è secondario e casuale, Keanu Reeves ha recitato la parte del Principe Siddharta Guatama nel film Piccolo Budda di Bernardo Bertolucci)

Trinity, il suo nome è ironico, visti gli insegnamenti gnostici che vedevano la trinità costituita da Padre (il vero Dio), il Figlio (il divino fattosi carne, in fondo tutta l’umanità) e Lo Spirito Santo/Aspetto Materno di Dio. Trinity potrebbe anche evocare la mitica Trinità Femminile, gli stadi femminili di vergine, madre e vecchia, anche se non sono presenti nel film.

Un altro riferimento si ha nel numero della stanza all’uscita finale, Room 303.

La scena in cui Trinity risveglia Neo con un bacio fa riferimento a Biancaneve e alla Bella Addormentata, anche se risvegliandosi non dalla morte ma dai propri dubbi e dalle proprie paure si collega anche, e soprattutto, con le figure di Buddha e Cristo.

Emblematico è anche il nome della città di Zion, Sion, la città di Dio, l’unica città di Matrix in cui gli uomini sono liberi, in questo caso, comunque nelle profondità della terra e non nell’alto dei cieli. Nel Vecchio Testamento la città faceva riferimento esplicitamente a Gerusalemme, mentre nel Nuovo Testamento la Città di Dio, oltre a Gerusalemme si riferisce al Paradiso.

Il mondo che ci circonda ci distrae dalla verità su chi siamo veramente intossicandoci di falsità e noi possiamo liberarci da queste falsità attraverso dei "Messaggeri di Luce", sta a noi riuscire ad ascoltarli o ignorarli, capendo o meno chi veramente siamo. Un mezzo per cercare di districarci tra le falsità è rappresentato dalla persona dell’oracolo. L’oracolo (in stretta relazione con L’Oracolo di Delfi, la cui frase "Conosci te stesso", è riportata nel film sopra la porta della cucina) rappresenta le risposte distorte che filtrano attraverso una realtà confusa: le sue predizioni, che Trinity si sarebbe innamorata dell’Eletto, che Morpheus avrebbe trovato l’Eletto e che Neo non era l’Eletto (ma che forse lo sarebbe stato nella vita successiva)… si realizzano tutte, anche se non in modo letterale. La figura dell’oracolo e delle persone incontrate nel suo appartamento, soprattutto il personaggio che cerca di piegare i cucchiai ("Non cercare di piegare il cucchiaio, è impossibile. Cerca invece di realizzare la verità, che non c'è nessun cucchiaio, e ti accorgerai che sei tu a piegarti.") si collegano proprio al concetto di gnosis suggerendo che la soluzione alla condizione umana si trova all’interno di brandelli specifici di conoscenza.